Darbuotojai

Moksliniai interesai

• Duomenų tyryba: neuroniniai tinklai, vaizdų analizė, daugiamačių duomenų vizualizavimas, klasifikavimo algoritmai, grupavimo algoritmai
  
• Sprendimų priėmimo sistemos medicinoje

Mokslinė produkcija

Pagrindinės publikacijos:

1. Virbukaitė, Sandra; Bernatavičienė, Jolita. Deep Neural Networks application for Cup-to-Disc ratio estimation in eye fundus images // Proceedings of the 18th conference on computer science and intelligence systems, September 17–20, 2023. Warsaw, Poland / Maria Ganzha, Leszek Maciaszek, Marcin Paprzycki, Dominik Ślęzak (eds.). Warsaw : Polskie Towarzystwo Informatyczne, 2023. eISBN 9788396744784. p. 1191-1195. (Annals of computer science and information systems, ISSN 2300-5963 ; vol. 35). DOI: 10.15439/2023F944.<\li>
2. Ruminavičiūtė, Gabrielė; Bernatavičienė, Jolita. Ensemble for quality assessment of eye fundus images involving deep learning methods // 2023 18th Iberian Conference on Information Systems and Technologies (CISTI), 20–23 June 2023, Aveiro, Portugal. New York : IEEE, 2023. ISBN 9798350305272. eISBN 9789893347928. ISSN 2166-0727. eISSN 2166-0727. p. [1-6]. DOI: 10.23919/CISTI58278.2023.10211416.</\li>
3. Dzemyda, Gintautas; Bernatavičienė, Jolita; Kacprzyk, Janusz. Preface [Data science in applications] // Data science in applications / editors: Gintautas Dzemyda, Jolita Bernatavičienė, Janusz Kacprzyk. Cham : Springer International Publishing, 2023. ISBN 9783031244520. eISBN 9783031244537. p. v-ix. (Studies in Computational Intelligence, ISSN 1860-949X, eISSN 1860-9503 ; vol. 1084).
4. Dzemyda, Gintautas (sudarytojas); Bernatavičienė, Jolita (sudarytojas); Kacprzyk, Janusz (sudarytojas). Data Science in Applications / editors: Dzemyda, Gintautas, Bernatavičienė, Jolita, Kacprzyk, Janusz. Cham : Springer, 2023. XII, 252 p. (Studies in Computational Intelligence, ISSN 1860-949X, eISSN 1860-9503 ; vol. 1084). ISBN 9783031244520. eISBN 9783031244537. DOI: 10.1007/978-3-031-24453-7.
5. Melnik-Leroy, Gerda Ana; Bernatavičienė, Jolita; Korvel, Gražina; Navickas, Gediminas; Tamulevičius, Gintautas; Treigys, Povilas. An overview of Lithuanian intonation: a linguistic and modelling perspective // Informatica. Vilnius : Vilniaus universiteto leidykla. ISSN 0868-4952. eISSN 1822-8844. 2022, vol. 33, iss. 4, p. 795-832. DOI: 10.15388/22-INFOR502.
6. Treigys, Povilas; Vaitulevičius, Aleksas; Bernatavičienė, Jolita; Markevičiūtė, Jurgita; Naruševičiūtė, Ieva; Trakymas, Mantas. Detecting cancerous regions in DCE MRI using functional data, XGboost and neural networks // Communication papers of the 17th conference on computer science and intelligence systems / M. Ganzha, L. Maciaszek, M. Paprzycki, D. Ślęzak (eds). Warsaw : Polskie Towarzystwo Informatyczne. 2022, p. 23-30. (ACSIS-Annals of computer science and information systems, ISSN 2300-5963 ; vol.32). DOI: 10.15439/2022F128.
7. Jucevičius, Justinas; Treigys, Povilas; Bernatavičienė, Jolita; Trakymas, Mantas; Naruševičiūtė, Ieva; Briedienė, Rūta. Segmentation mask resampling for MRI prostate localization improvement // ICECET 2022: International Conference on Electrical, Computer and Energy Technologies (20-22 July 2022, Prague-Czech Republic : proceedings : IEEE, 2022. ISBN 9781665470872. p. [1-6]. DOI: 10.1109/ICECET55527.2022.9872602.
8. Markevičiūtė, Jurgita; Bernatavičienė, Jolita; Levulienė, Rūta; Medvedev, Viktor; Treigys, Povilas; Venskus, Julius. Impact of COVID-19-related lockdown measures on economic and social outcomes in Lithuania // Mathematics. Basel : MPDI. eISSN 2227-7390. 2022, vol. 10, no. 15, art. no. 2734, p. [1-20]. DOI: 10.3390/math10152734.
9. Vaitulevičius, Aleksas; Surkant, Roman; Treigys, Povilas; Markevičiūtė, Jurgita; Trakymas, Mantas; Bernatavičienė, Jolita; Naruševičiūtė, Ieva. DCE MRI modality investigation for cancerous prostate region detection: case analysis // Journal of WSCG. Plzen : Union Agency Science Press. ISSN 1213-6972. eISSN 1213-6964. 2022, vol. 2022, CSRN3201, p. 48-55. DOI: 10.24132/CSRN.3201.7.
10. Motuzienė, Violeta; Bielskus, Jonas; Lapinskienė, Vilūnė; Rynkun, Genrika; Bernatavičienė, Jolita. Office buildings occupancy analysis and prediction associated with the impact of the COVID-19 pandemic // Sustainable cities and society. Amsterdam : Elsevier Ltd. ISSN 2210-6707. eISSN 2210-6715. 2022, vol. 77, art. no. 103557, p. 1-12. DOI: 10.1016/j.scs.2021.103557.
11. Markevičiūtė, Jurgita; Bernatavičienė, Jolita; Levulienė, Rūta; Medvedev, Viktor; Treigys, Povilas; Venskus, Julius. Attention-based and time series models for short-term forecasting of COVID-19 spread // CMC-Computers, materials & continua. Henderson, NV : TECH Science Press. ISSN 1546-2218. eISSN 1546-2226. 2022, vol. 70, no. 1, p. 695-714. DOI: 10.32604/cmc.2022.018735.
12. Tamulevičius, Gintautas; Korvel, Gražina; Yayak, Anil Bora; Treigys, Povilas; Bernatavičienė, Jolita; Kostek, Božena. A study of cross-linguistic speech emotion recognition based on 2D feature spaces // Electronics. Basel : MDPI AG. ISSN 2079-9292. eISSN 2079-9292. 2020, vol. 9, iss. 10, art. no. 1725, p. [1-13]. DOI: 10.3390/electronics9101725.
13. Dzemyda, Gintautas (red.); Bernatavičienė, Jolita (red.); Kacprzyk, Janusz (red.). Data science: New issues, Challenges and applications / Editors: Dzemyda, Gintautas, Bernatavičienė, Jolita, Kacprzyk, Janusz. Cham : Springer, 2020. 331 p. (Studies in computational intelligence, ISSN 1860-949X, eISSN 1860-9503 ; vol. 869). ISBN 9783030392499. eISBN 9783030392505. DOI: 10.1007/978-3-030-39250-5.
14. Venskus, Julius; Treigys, Povilas; Bernatavičienė, Jolita; Tamulevičius, Gintautas; Medvedev, Viktor. Real-time maritime traffic anomaly detection based on sensors and history data embedding // Sensors. Basel : MDPI. ISSN 1424-8220. 2019, vol. 19, no. 17, art. no. 3782, p. 1-10. DOI: 10.3390/s19173782.
15. Korvel, Gražina; Treigys, Povilas; Tamulevičius, Gintautas; Bernatavičienė, Jolita; Kostek, Bozena. Analysis of 2D feature spaces for deep learning-based speech recognition // Journal of the audio engineering society. New York : Audio engineering society. 2018, vol. 66, no 12, p. 1072-1081. DOI:10.17743/jaes.2018.0066.
16. Stabingis, Giedrius; Bernatavičienė, Jolita; Dzemyda, Gintautas; Paunksnis, Alvydas; Stabingienė, Lijana; Treigys, Povilas; Vaičaitienė, Ramutė. Adaptive eye fundus vessel classification for automatic artery and vein diameter ratio evaluation // Informatica. Vilnius : Vilniaus universitetas Matematikos ir informatikos institutas. ISSN 0868-4952. eISSN 1822-8844. 2018, vol. 29, no 4, p. 757-771. DOI: 10.15388/Informatica.2018.191.
17. Morkūnas, Mindaugas; Treigys, Povilas; Bernatavičienė, Jolita; Laurinavičius, Arvydas; Korvel, Gražina. Machine learning based classification of colorectal cancer tumour tissue in whole-slide images // Informatica. Vilnius : Vilniaus universiteto Matematikos ir informatikos institutas. ISSN 0868-4952. 2018, Vol. 29, no. 1, p. 75-90. DOI: 10.15388/Informatica.2018.158.
18. Venskus, Julius; Treigys, Povilas;Bernatavičienė, Jolita; Medvedev, Viktor; Voznak, Miroslav; Kurmis, Mindaugas; Bulbenkienė, Violeta.
    Integration of a Self-Organizing Map and a Virtual Pheromone for Real-Time Abnormal Movement Detection in Marine Traffic // Informatica / Matematikos ir informatikos institutas. Vilnius: Lietuvos mokslų akademijos leidykla. ISSN: 0868-4952. 2017, Vol. 28, no. 2, p. 359-374. 
19. Medvedev, Viktor; Kurasova, Olga; Bernatavičienė, Jolita; Treigys, Povilas; Marcinkevičius, Virginijus; Dzemyda, Gintautas. A New Web-Based Solution for Modelling Data Mining Processes / /Simulation Modelling Practice and Theory: Elsevier, 2017 in press
    http://dx.doi.org/10.1016/j.simpat.2017.03.001.

 Publikacijos su VU DMSTI ir MII prieskyra

Pedagoginė veikla

I pakopos studijos:

• Duomenų tyryba ir vizualizavimas, VU, 2020
• Įvadas į duomenų tyrybą ir mašininį mokymąsi, VU, 2021 -
• Papildomi duomenų vizualizavimo skyriai, VU, 2021 -

II pakopos studijos:

• Software process Assessment and Improvement, Vilnius University, 2020.

Projektinė veikla

Šiuo metu vykdomi moksliniai projektai:

• Euro HPC programos pagrindu Nacionalinių kompetencijos centrų steigimas, H2020, pradžia 2020-9-1 – 2022-8-31, projekto numeris 951732, Projekto suma 59 mln. Eur. Projekto vykdytoja
• Nuasmenintų akių dugnų vaizdų bazės kūrimas. Vilniaus regiono biomedicininių tyrimų etikos komiteto leidimas nr.:158200-18/11-1057-572. Pagrindinis tyrėjas. Vieklos terminas 2018-11 – 2030-10.

Vadovavimas moksliniams projektams:

• Pavadinimas: Duomenų tyrybos metodų, skirtų kintančių duomenų rinkinių panašumui įvertinti, kūrimas. Pagal inovacinį čekį Nr. APS-580000-63, 31V-311 (UAB „Algoritmų sistemos“, Mokslo, inovacijų ir technologijų agentūra). Vykdymo laikotarpis nuo 2013-01-15 iki 2013-04-25. 

Įvykdyti moksliniai projektai:

• COVID-19 infekcija Lietuvoje: modeliavimas ir socio-ekonominių padarinių analizė, 2020 m. Sprendimams dėl COVID-19 padarinių skirti projektai/P-COV-20-4. Finansavimą skyrė Lietuvos mokslo taryba (LMTLT), sutarties Nr. S-COV-20-4, projekto vykdytoja
• ES struktūrinių fondų projektas „Lietuvių šneka valdomų paslaugų plėtra – LIEPA 2“, 2017.12-2020.12. Pareigos projekte: specialistė.
• COST veikla CA15120 „Daugiaskalės sistemos medicinai”. J. Bernatavičienė yra Lietuvos atstovė vykdymo komitete, veiklos terminai: 2016-04-05 – 2020-04-04.
• COST veikla CA15124 „Europos biovaizdų analitikų tinkas progresyviai gyvybės mokslų vaizdų analizei (NEUBIAS) ”. J. Bernatavičienė yra Lietuvos atstovo pavaduotoja vykdymo komitete, veiklos terminai: 2016-05-03 – 2020-05-02.
• Pavadinimas: Duomenų analizės ir pilotinio įrankio programinės įrangos sukūrimas. Pagal 2013 m. vasario 12 d. tarp VšĮ „Informatikos mokslų centras“ ir Vilniaus universiteto sutartį Nr. APS-580000-243. Vykdymo laikotarpis nuo 2013-02-12 iki 2015-03-12.
• Vadovas prof. habil. dr. G. Dzemyda. Nacionalinės kompleksinės programos projektas „Paslaugų interneto technologijų kūrimo ir panaudojimo našių skaičiavimų platformose teoriniai ir inžineriniai aspektai (Nr. VP1-3.1-ŠMM-08-K-01-010)“. Vykdymo laikas: 2012 lapkritis – 2015 rugpjūtis.
• Projekto atsakingasis vykdytojas: prof. habil. dr. G. Dzemyda. Pavadinimas: Gamybos efektyvumo navigatorius (Production Effectiveness Navigator). EuroStars projektas PEN!6232. Vykdymo laikas: 2011 balandis – 2014 kovas.
• Pavadinimas: Dirbtinių neuroninių tinklų optimizavimas ir diegimas. Pagal inovacinį čekį Nr. IČS-580000-1479, 31V-109 (UAB „Algoritmų sistemos“, Mokslo, inovacijų ir technologijų agentūra). Vykdymo laikotarpis nuo 2012-07-03 iki 2012-11-20.
• Pavadinimas: Kritinių fiziologinių parametrų išskyrimo iš daviklių signalų ir atvaizdavimo algoritmų mokslinis tyrimas. Pagal sutartis Nr. AS10-012 su ūkio subjektu UAB „Algoritmų sistemos“. Vykdymo laikotarpis nuo 2010-07-23 iki 2010-10-20
• Vadovas prof. A. Paunksnis (KMU). Pavadinimas: VMSF remiamas aukštųjų technologijų plėtros programos projektas „Informacinės klinikinių sprendimų palaikymo ir gyventojų sveikatinimo priemonės e. Sveikatos sistemai, Info sveikata“. Registracijos Nr.: B-07019. Vykdymo laikas: 2007-2009.
• Vadovas V. Kučinskas (VU). Pavadinimas: VMSF remiamas prioritetinių Lietuvos mokslinių tyrimų ir eksperimentinės plėtros krypčių projektas „Genetinių ir genominių lūpos ir (arba) gomurio nesuaugimo pagrindų tyrimai (GENOLOG)“. Registracijos Nr.: C-07022; Vykdymo laikas: 2007 m. 04 mėn. – 2009 m. 12 mėn. (33 mėn.).

LMT paramos projektai:

• Parama mokslo renginiui 14-oji tarptautinė konferencija „Duomenų analizės metodai programų sistemoms (DAMSS 2023)“. Projekto S-MOR-23-11 (1.78 Mr) SU-1526, vadovė J. Bernatavičienė.
• Parama mokslo renginiui 11-oji tarptautinė konferencija „Duomenų analizės metodai programų sistemoms (DAMSS 2019)“. Projekto S-MOR-19-2/(178)SU-280 vadovė J. Bernatavičienė.
• Parama mokslo renginiui 9-oji tarptautinė konferencija „Duomenų analizės metodai programų sistemoms (DAMSS 2017)“. Projekto vadovė J. Bernatavičienė.
• Parama mokslo renginiui 8-oji tarptautinė konferencija „Duomenų analizės metodai programų sistemoms (DAMSS 2016)“. Projekto vadovė J. Bernatavičienė.
• Parama mokslo renginiui 7-oji tarptautinė konferencija „Duomenų analizės metodai programų sistemoms (DAMSS 2015)“, MOR-12/2015/LSS-580000-1481 (2015). Projekto vadovė J. Bernatavičienė.
• Parama mokslo renginiui 5-asis tarptautinis seminaras „Duomenų analizės metodai programų sistemoms “, MOR-043/2013. Projekto vadovė J. Bernatavičienė

Dalyvavimas mokslinių žurnalų ir tęstinių leidinių redakcinėse kolegijose

Žurnalo Baltic Journal of Modern Computing administratorė (Managing Editor), https://www.bjmc.lu.lv/editorial-board/

Recenzentė:

• Informatica
• Sensors
• Applied Sciences
• Journal of Marine Science and Engineering
• Biomedical Signal Processing and Control

Mokslas ir studijos, apginti darbai

Doktorantai

Apginti magistro darbai (Darbo vadovė - dr. Jolita Bernatavičienė.):

• Išskirčių identifikavimas daugiamačiuose srauto duomenyse, 2021.
• Akies dugno vaizdų kokybės poveikis kraujagyslių segmentavimui naudojant giliuosius neuroninius tinklus. 2022.
• Dinaminio kontrasto vertinimas prostatos magnetinio rezonanso vaizduose vėžinių audinių zonų identifikavimui. 2022.
• Saulės elektrinių pagamintos energijos prognozė. 2022.
• Akių dugno nuotraukų kokybės vertinimas naudojant mašininio mokymo metodus. 2023

Pranešimai mokslinėse konferencijose

1. Ensemble for quality assessment of eye fundus images involving deep learning methods: 18th Iberian Conference on Information Systems and Technologies (CISTI), 20–23 June 2023, Aveiro, Portugal.
2. Solar Power Forecasting Using LSTM Networks: Comparative Analysis, EURO 2022 Espoo, Finland, 3 – 6 July, 2022
3. Detecting Maritime Traffic Anomalies with Long-Short Term Memory Recurrent Neural Network, 11th International Workshop „Data Analysis Methods for Software Systems“, November 28 - 30, 2019, Druskininkai, Lithuania.
4. Akies dugno nuotraukų semantinis segmentavimas naudojant konvoliucinius neuroninius tinklus, XIX mokslinė kompiuterininkų konferencija (renginys “Kompiuterininkų dienos 2019”, 2019 m. spalio 3-4 d., Kaunas, Lietuva
5. Eye Blood Vessel Segmentation Using Convolutional Neural Networks, 11th International Workshop „Data Analysis Methods for Software Systems“, November 28 - 30, 2019, Druskininkai, Lithuania.
6. Overview of speech synthesis using LSTM neural networks // Computer data analysis and modeling: stochastics and data science : proceedings of the XII international conference, Minsk, September 18-22, 2019: Proceedings of the XII International Conference, Minsk Spet. 18-22, 2019.
7. Automatization of eye fundus vessel width measurements // VipIMAGE 2017 : proceedings of the VI ECCOMAS thematic conference on computational vision and medical image processing, Porto, Portugal, October 18-20, 2017.
8. Automatinė patologinių pokyčių identifikacija akies dugno vaizduose // Lietuvos akių gydytojų draugijos metinė konferencija, Radisson Blu Hotel Lietuva, Vilnius 2016.09.23.
9. Automated classification of Arteries and Veins in the Retinal Blood Vasculature // 11th international conference “Computer data analysis and modeling: theoretical and applied stochastics”, Minsk, September 6-10, Minsk:BSU, 2016.
10. Automated Blood Vessels Detection and Pathological Changes Identification in Eye Fundus Images // EURO2016 : 28th European Conference on Operation Research, July 3-6, 2016, Poznan University of Technology, Poznan, Poland
11. Localization of Prostate in T2W MRI Scans // EURO2016: 28^th European Conference on Operation Research, July 3-6, 2016, Poznan University of Technology, Poznan, Poland
12. Mobilių skaitmeninių technologijų svarba ankstyvoje akių ligų diagnostikoje // Naujos technologijos ankstyvoje akių ligų diagnostikoje, Kauno technologijos universiteto „Santakos“ slėnis, 2016.05.27.
13.  Computer-aided localisation and characterisation of prostate cancer in mpMRI // ASMDA 2015 : 16th Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference with 4th Demographics 2015 Workshop, 30 June - 4 July 2015.
14.  Automated blood vessel detection and characteris-tic evaluation in eye fundus images // 7th International Workshop "Data analysis methods for software systems" – DAMSS : Druskininkai, Lithuania, December 3-5, 2015 .
15. Visual method of streaming data similarity estimation // Data analysis methods for software systems : 6th International Workshop, Druskininkai, Lithuania, December 4-6, 2014.
16. Comparative analysis of similarity measures for medical streaming data // Computer data analysis and modeling: theoretical and applied stochatics : proceedings of the 10th international conference, Minsk, September 10-14.
17. Rule induction for ophthalmological data classification // The 20th international conference EURO mini conference "Continuous optimization and knowledge-based technologies" EurOPT'2008 : May 20-23, 2008.
18. Diagnostic decisions in sports medicine by integratingof data mining methods // 11th Conference on Artificial Intelligence in Medicine (AIME 07), Doctoral Consortium, Amsterdam, Netherlands, 07–11 July 2007.
19. Optimization of the diagnosis decisions by integration of data mining methods // Optimization Challenges in Engineering: Methods, Software and Applications, EURO Summer Institute 2006, Lutherstadt Wittenberg, Germany, August 18 – September 2, 2006.
20. Visualization and analysis of the eye fundus parameters // Proceedings of the 6th Nordic conference on eHealth and telemedicine NCeHT2006 : 31 August - 1 September 2006.
21. Decision support for preliminary medical diagnosis integrating the data mining methods // Simulation and optimisation in business and industry: international conference on operational research, May 17-20, 2006 Tallinn, Estonia.
22. Correction of Distances in Visualization of Multidimensional Data // Advanced Course on Knowledge Discovery (ACAI) complemented with 1st SEKT Summer School on Semantic – Web, Slovenia, Ljubljana, June 27 – July 5, 2005.
23. Fraktalinių dimensijų biomedicininio informatyvumo analizė = Fraktalinių dimensijų biomedicininio informatyvumo analizė // Biomedicininė inžinerija : Tarptautinės konferencijos pranešimų medžiaga=Proceedings of international conference: Kauno technologijos universitetas, 2005 m. spalio 27-28.
24. Minimization of the mapping error using coordinate descent // WSCG'2005 : the 13-th International conference in Central Europe on computer graphics, visualization and computer vision 2005 in co-operation with Eurographics. Plzen: University of West Bohemia, 2005.
25. Atstumų koregavimas vizualizuojant daugiamačius duomenis = Correction of distances in visualization of multidimensional data // Informacinės technologijos 2005 : konferencijos pranešimų medžiaga, [2005 m. sausio 26-27 d., Kaunas, Lietuva]. T. 1. Kaunas: Technologija, 2005.

Ekspertinė ir kita veikla

• Organizacijos IEEE Computer society sekcijos narė (nuo 2022 m.).
• Lietuvos kompiuterininkų sąjungos tarybos narė, Dirbtinio intelekto sekcijos narė
• Lietuvos operacijų tyrimų draugijos narė
• Mokslo, inovacijų ir technologijų agentūros (MITA) ekspertė (2020-2022).