Darbuotojai

Moksliniai interesai

• Duomenų tyryba: neuroniniai tinklai, vaizdų analizė, daugiamačių duomenų vizualizavimas, klasifikavimo algoritmai, grupavimo algoritmai
  
• Sprendimų priėmimo sistemos medicinoje

Mokslinė produkcija

Pagrindinės publikacijos:

1. Vaitulevičius, Aleksas; Bernatavičienė, Jolita; Markevičiūtė, Jurgita; Naruševičiūtė, Ieva; Trakymas, Mantas; Treigys, Povilas. Advancements in prostate zone segmentation: integrating attention mechanisms into the nnU-Net framework // Machine learning: science and technology. Bristol : IOPScience. ISSN 2632-2153. eISSN 2632-2153. 2024, vol. 5, no. 4, art. no. 045003, p. [1-13]. DOI: 10.1088/2632-2153/ad7f24.
2. Virbukaitė, Sandra; Bernatavičienė, Jolita; Imbrasienė, Daiva. Glaucoma identification using convolutional neural networks ensemble for optic disc and cup segmentation // IEEE Access. Piscataway : IEEE. eISSN 2169-3536. 2024, vol. 12, p. 82720-82729. DOI: 10.1109/ACCESS.2024.3412185.
3. Virbukaitė, Sandra; Bernatavičienė, Jolita. Impact of eye fundus image preprocessing on key objects segmentation for glaucoma identification // Nonlinear analysis: modelling and control. Vilnius : Vilnius University Press. ISSN 1392-5113. eISSN 2335-8963. 2024, vol. 29, no. 1, p. 96-110. DOI: 10.15388/namc.2024.29.33669.
4. Virbukaitė, Sandra; Bernatavičienė, Jolita. Deep Neural Networks application for Cup-to-Disc ratio estimation in eye fundus images // Proceedings of the 18th conference on computer science and intelligence systems, September 17–20, 2023. Warsaw, Poland / Maria Ganzha, Leszek Maciaszek, Marcin Paprzycki, Dominik Ślęzak (eds.). Warsaw : Polskie Towarzystwo Informatyczne, 2023. eISBN 9788396744784. p. 1191-1195. (Annals of computer science and information systems, ISSN 2300-5963 ; vol. 35). DOI: 10.15439/2023F944.<\li>
5. Malūkaitė, Jaunė; Bernatavičienė, Jolita; Treigys, Povilas. Arrhythmia classification from ECG signals using transformers and data balancing techniques // Lietuvos magistrantų informatikos ir IT tyrimai: konferencijos darbai, 2024 m. gegužės 10 d. Vilnius : Vilniaus universiteto leidykla. eISSN 2783-784X. 2024, p. 90-97. (Vilnius University Open Series, eISSN 2669-0535). DOI: 10.15388/LMITT.2024.13.
6. Butkus, Deividas; Bernatavičienė, Jolita. Machine learning approaches in atrial fibrillation detection // Lietuvos magistrantų informatikos ir IT tyrimai: konferencijos darbai, 2024 m. gegužės 10 d. Vilnius : Vilniaus universiteto leidykla. eISSN 2783-784X. 2024, p. 16-24. (Vilnius University Open Series, eISSN 2669-0535). DOI: 10.15388/LMITT.2024.2.

 Publikacijos su VU DMSTI ir MII prieskyra

Pedagoginė veikla

I pakopos studijos:

• Duomenų tyryba ir vizualizavimas, VU, 2020
• Įvadas į duomenų tyrybą ir mašininį mokymąsi, VU, 2021 -
• Papildomi duomenų vizualizavimo skyriai, VU, 2021 -

II pakopos studijos:

• Software process Assessment and Improvement, Vilnius University, 2020.

Projektinė veikla

Šiuo metu vykdomi moksliniai projektai:

• COST veikla CA22111 „ Europos konsorciumas nustatyti sudėtingų, realaus pasaulio aplinkų poveikį smegenų vystymuisi”. J. Bernatavičienė yra Lietuvos atstovė vykdymo komitete, veiklos terminai: 2023 – 2027.
• Plėtros programos pažangos priemonės Nr. 05-002-01-07-08 „Kurti technologinius sprendimus ir įrankius, leidžiančius saugiai ir patogiai naudotis paslaugomis“ veiklos „Lietuvių kalbos garsyno vystymas (šnekos atpažinimo tikslams)“ projektas „Didžiojo lietuvių kalbos garsyno sukūrimas (LIEPA-3)“, projekto Nr. 02-023-K-0001, 2024 03 12–2026 04 30, pareigos projekte: projekto ekspertė
• Projektas "EDIH VILNIUS: accelerating green and digital transformation in Vilnius region" NR. 101083844, Darbų atlikimas pagal susitarimą su VŠĮ Vilniaus universiteto ligoninė Santaros klinikos, 2024.02.15 – 2024.08.23, pareigos projekte: vyresnioji mokslo darbuotoja
• Lietuvos mokslo tarybos finansuojamas projektas P-SV-24-157, Tekstūros analizė širdies magnetinio rezonanso vaizduose. 2024.07.01-2024.08.30, pareigos projekte: mokslinė vadovė
• Euro HPC programos pagrindu Nacionalinių kompetencijos centrų steigimas, H2020, pradžia 2020-9-1 – 2022-8-31, projekto numeris 951732, Projekto suma 59 mln. Eur. Projekto vykdytoja
• Nuasmenintų akių dugnų vaizdų bazės kūrimas. Vilniaus regiono biomedicininių tyrimų etikos komiteto leidimas nr.:158200-18/11-1057-572. Pagrindinis tyrėjas. Vieklos terminas 2018-11 – 2030-10.

Vadovavimas moksliniams projektams:

• Pavadinimas: Duomenų tyrybos metodų, skirtų kintančių duomenų rinkinių panašumui įvertinti, kūrimas. Pagal inovacinį čekį Nr. APS-580000-63, 31V-311 (UAB „Algoritmų sistemos“, Mokslo, inovacijų ir technologijų agentūra). Vykdymo laikotarpis nuo 2013-01-15 iki 2013-04-25. 

Įvykdyti moksliniai projektai:

• COVID-19 infekcija Lietuvoje: modeliavimas ir socio-ekonominių padarinių analizė, 2020 m. Sprendimams dėl COVID-19 padarinių skirti projektai/P-COV-20-4. Finansavimą skyrė Lietuvos mokslo taryba (LMTLT), sutarties Nr. S-COV-20-4, projekto vykdytoja
• ES struktūrinių fondų projektas „Lietuvių šneka valdomų paslaugų plėtra – LIEPA 2“, 2017.12-2020.12. Pareigos projekte: specialistė.
• COST veikla CA15120 „Daugiaskalės sistemos medicinai”. J. Bernatavičienė yra Lietuvos atstovė vykdymo komitete, veiklos terminai: 2016-04-05 – 2020-04-04.
• COST veikla CA15124 „Europos biovaizdų analitikų tinkas progresyviai gyvybės mokslų vaizdų analizei (NEUBIAS) ”. J. Bernatavičienė yra Lietuvos atstovo pavaduotoja vykdymo komitete, veiklos terminai: 2016-05-03 – 2020-05-02.
• Pavadinimas: Duomenų analizės ir pilotinio įrankio programinės įrangos sukūrimas. Pagal 2013 m. vasario 12 d. tarp VšĮ „Informatikos mokslų centras“ ir Vilniaus universiteto sutartį Nr. APS-580000-243. Vykdymo laikotarpis nuo 2013-02-12 iki 2015-03-12.
• Vadovas prof. habil. dr. G. Dzemyda. Nacionalinės kompleksinės programos projektas „Paslaugų interneto technologijų kūrimo ir panaudojimo našių skaičiavimų platformose teoriniai ir inžineriniai aspektai (Nr. VP1-3.1-ŠMM-08-K-01-010)“. Vykdymo laikas: 2012 lapkritis – 2015 rugpjūtis.
• Projekto atsakingasis vykdytojas: prof. habil. dr. G. Dzemyda. Pavadinimas: Gamybos efektyvumo navigatorius (Production Effectiveness Navigator). EuroStars projektas PEN!6232. Vykdymo laikas: 2011 balandis – 2014 kovas.
• Pavadinimas: Dirbtinių neuroninių tinklų optimizavimas ir diegimas. Pagal inovacinį čekį Nr. IČS-580000-1479, 31V-109 (UAB „Algoritmų sistemos“, Mokslo, inovacijų ir technologijų agentūra). Vykdymo laikotarpis nuo 2012-07-03 iki 2012-11-20.
• Pavadinimas: Kritinių fiziologinių parametrų išskyrimo iš daviklių signalų ir atvaizdavimo algoritmų mokslinis tyrimas. Pagal sutartis Nr. AS10-012 su ūkio subjektu UAB „Algoritmų sistemos“. Vykdymo laikotarpis nuo 2010-07-23 iki 2010-10-20
• Vadovas prof. A. Paunksnis (KMU). Pavadinimas: VMSF remiamas aukštųjų technologijų plėtros programos projektas „Informacinės klinikinių sprendimų palaikymo ir gyventojų sveikatinimo priemonės e. Sveikatos sistemai, Info sveikata“. Registracijos Nr.: B-07019. Vykdymo laikas: 2007-2009.
• Vadovas V. Kučinskas (VU). Pavadinimas: VMSF remiamas prioritetinių Lietuvos mokslinių tyrimų ir eksperimentinės plėtros krypčių projektas „Genetinių ir genominių lūpos ir (arba) gomurio nesuaugimo pagrindų tyrimai (GENOLOG)“. Registracijos Nr.: C-07022; Vykdymo laikas: 2007 m. 04 mėn. – 2009 m. 12 mėn. (33 mėn.).

LMT paramos projektai:

• Parama mokslo renginiui 14-oji tarptautinė konferencija „Duomenų analizės metodai programų sistemoms (DAMSS 2023)“. Projekto S-MOR-23-11 (1.78 Mr) SU-1526, vadovė J. Bernatavičienė.
• Parama mokslo renginiui 11-oji tarptautinė konferencija „Duomenų analizės metodai programų sistemoms (DAMSS 2019)“. Projekto S-MOR-19-2/(178)SU-280 vadovė J. Bernatavičienė.
• Parama mokslo renginiui 9-oji tarptautinė konferencija „Duomenų analizės metodai programų sistemoms (DAMSS 2017)“. Projekto vadovė J. Bernatavičienė.
• Parama mokslo renginiui 8-oji tarptautinė konferencija „Duomenų analizės metodai programų sistemoms (DAMSS 2016)“. Projekto vadovė J. Bernatavičienė.
• Parama mokslo renginiui 7-oji tarptautinė konferencija „Duomenų analizės metodai programų sistemoms (DAMSS 2015)“, MOR-12/2015/LSS-580000-1481 (2015). Projekto vadovė J. Bernatavičienė.
• Parama mokslo renginiui 5-asis tarptautinis seminaras „Duomenų analizės metodai programų sistemoms “, MOR-043/2013. Projekto vadovė J. Bernatavičienė

Dalyvavimas mokslinių žurnalų ir tęstinių leidinių redakcinėse kolegijose

Žurnalo Baltic Journal of Modern Computing administratorė (Managing Editor), https://www.bjmc.lu.lv/editorial-board/

Recenzentė:

• Informatica
• Sensors
• Applied Sciences
• Journal of Marine Science and Engineering
• Biomedical Signal Processing and Control

Mokslas ir studijos, apginti darbai

Doktorantai

Apginti magistro darbai (Darbo vadovė - dr. Jolita Bernatavičienė.):

• Išskirčių identifikavimas daugiamačiuose srauto duomenyse, 2021.
• Akies dugno vaizdų kokybės poveikis kraujagyslių segmentavimui naudojant giliuosius neuroninius tinklus. 2022.
• Dinaminio kontrasto vertinimas prostatos magnetinio rezonanso vaizduose vėžinių audinių zonų identifikavimui. 2022.
• Saulės elektrinių pagamintos energijos prognozė. 2022.
• Akių dugno nuotraukų kokybės vertinimas naudojant mašininio mokymo metodus. 2023

Pranešimai mokslinėse konferencijose

1. Rimšelis,Jonas Mindaugas; Mikalkėnienė, Gajane; Bernatavičienė, Jolita.Comparative Evaluation of Adjacency Matrix Applications for EEG Signal Classification Tasks// DAMSS: 15th conference on data analysis methods for software systems, Druskininkai, Lithuania, November 28-30, 2024.
2. Kutka,Eduardas; Bernatavičienė, Jolita. High-Performance Computing in Science// DAMSS: 15th conference on data analysis methods for software systems, Druskininkai, Lithuania, November 28-30, 2024.
3. Vilčinskas, Dominykas; Voveris, Lukas; Bernatavičienė, Jolita. Fault Detection In Solar Power Plants Using Energy Production Data// DAMSS: 15th conference on data analysis methods for software systems, Druskininkai, Lithuania, November 28-30, 2024.
4. Malūkaitė, Jaunė; Bernatavičienė, Jolita; Treigys, Povilas. Enhancing Arrhythmia Detection Using an Ensemble of Transformer Models for Heartbeat Classification, 0th International Conference on machine Learning, Optimization & Data science – LOD 2024, September 22 – 25, 2024, Castiglione della Pescaia (Grosseto), Tuscany, Italy
5. Malūkaitė, Jaunė; Bernatavičienė, Jolita; Treigys, Povilas. Arrhythmia classification from ECG signals using transformers and data balancing techniques // Lietuvos magistrantų informatikos ir IT tyrimai: konferencijos darbai, 2024 m. gegužės 10 d. Vilnius : Vilniaus universiteto leidykla. eISSN 2783-784X. 2024, p. 90-97. (Vilnius University Open Series, eISSN 2669-0535). DOI: 10.15388/LMITT.2024.13.
6. Butkus, Deividas; Bernatavičienė, Jolita. Machine learning approaches in atrial fibrillation detection // Lietuvos magistrantų informatikos ir IT tyrimai: konferencijos darbai, 2024 m. gegužės 10 d. Vilnius : Vilniaus universiteto leidykla. eISSN 2783-784X. 2024, p. 16-24. (Vilnius University Open Series, eISSN 2669-0535). DOI: 10.15388/LMITT.2024.2.
7. Ensemble for quality assessment of eye fundus images involving deep learning methods: 18th Iberian Conference on Information Systems and Technologies (CISTI), 20–23 June 2023, Aveiro, Portugal.
8. Solar Power Forecasting Using LSTM Networks: Comparative Analysis, EURO 2022 Espoo, Finland, 3 – 6 July, 2022
9. Detecting Maritime Traffic Anomalies with Long-Short Term Memory Recurrent Neural Network, 11th International Workshop „Data Analysis Methods for Software Systems“, November 28 - 30, 2019, Druskininkai, Lithuania.
10. Akies dugno nuotraukų semantinis segmentavimas naudojant konvoliucinius neuroninius tinklus, XIX mokslinė kompiuterininkų konferencija (renginys “Kompiuterininkų dienos 2019”, 2019 m. spalio 3-4 d., Kaunas, Lietuva
11. Eye Blood Vessel Segmentation Using Convolutional Neural Networks, 11th International Workshop „Data Analysis Methods for Software Systems“, November 28 - 30, 2019, Druskininkai, Lithuania.
12. Overview of speech synthesis using LSTM neural networks // Computer data analysis and modeling: stochastics and data science : proceedings of the XII international conference, Minsk, September 18-22, 2019: Proceedings of the XII International Conference, Minsk Spet. 18-22, 2019.
13. Automatization of eye fundus vessel width measurements // VipIMAGE 2017 : proceedings of the VI ECCOMAS thematic conference on computational vision and medical image processing, Porto, Portugal, October 18-20, 2017.
14. Automatinė patologinių pokyčių identifikacija akies dugno vaizduose // Lietuvos akių gydytojų draugijos metinė konferencija, Radisson Blu Hotel Lietuva, Vilnius 2016.09.23.
15. Automated classification of Arteries and Veins in the Retinal Blood Vasculature // 11th international conference “Computer data analysis and modeling: theoretical and applied stochastics”, Minsk, September 6-10, Minsk:BSU, 2016.
16. Automated Blood Vessels Detection and Pathological Changes Identification in Eye Fundus Images // EURO2016 : 28th European Conference on Operation Research, July 3-6, 2016, Poznan University of Technology, Poznan, Poland
17. Localization of Prostate in T2W MRI Scans // EURO2016: 28^th European Conference on Operation Research, July 3-6, 2016, Poznan University of Technology, Poznan, Poland
18. Mobilių skaitmeninių technologijų svarba ankstyvoje akių ligų diagnostikoje // Naujos technologijos ankstyvoje akių ligų diagnostikoje, Kauno technologijos universiteto „Santakos“ slėnis, 2016.05.27.
19.  Computer-aided localisation and characterisation of prostate cancer in mpMRI // ASMDA 2015 : 16th Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference with 4th Demographics 2015 Workshop, 30 June - 4 July 2015.
20.  Automated blood vessel detection and characteris-tic evaluation in eye fundus images // 7th International Workshop "Data analysis methods for software systems" – DAMSS : Druskininkai, Lithuania, December 3-5, 2015 .
21. Visual method of streaming data similarity estimation // Data analysis methods for software systems : 6th International Workshop, Druskininkai, Lithuania, December 4-6, 2014.
22. Comparative analysis of similarity measures for medical streaming data // Computer data analysis and modeling: theoretical and applied stochatics : proceedings of the 10th international conference, Minsk, September 10-14.
23. Rule induction for ophthalmological data classification // The 20th international conference EURO mini conference "Continuous optimization and knowledge-based technologies" EurOPT'2008 : May 20-23, 2008.
24. Diagnostic decisions in sports medicine by integratingof data mining methods // 11th Conference on Artificial Intelligence in Medicine (AIME 07), Doctoral Consortium, Amsterdam, Netherlands, 07–11 July 2007.
25. Optimization of the diagnosis decisions by integration of data mining methods // Optimization Challenges in Engineering: Methods, Software and Applications, EURO Summer Institute 2006, Lutherstadt Wittenberg, Germany, August 18 – September 2, 2006.
26. Visualization and analysis of the eye fundus parameters // Proceedings of the 6th Nordic conference on eHealth and telemedicine NCeHT2006 : 31 August - 1 September 2006.
27. Decision support for preliminary medical diagnosis integrating the data mining methods // Simulation and optimisation in business and industry: international conference on operational research, May 17-20, 2006 Tallinn, Estonia.
28. Correction of Distances in Visualization of Multidimensional Data // Advanced Course on Knowledge Discovery (ACAI) complemented with 1st SEKT Summer School on Semantic – Web, Slovenia, Ljubljana, June 27 – July 5, 2005.
29. Fraktalinių dimensijų biomedicininio informatyvumo analizė = Fraktalinių dimensijų biomedicininio informatyvumo analizė // Biomedicininė inžinerija : Tarptautinės konferencijos pranešimų medžiaga=Proceedings of international conference: Kauno technologijos universitetas, 2005 m. spalio 27-28.
30. Minimization of the mapping error using coordinate descent // WSCG'2005 : the 13-th International conference in Central Europe on computer graphics, visualization and computer vision 2005 in co-operation with Eurographics. Plzen: University of West Bohemia, 2005.
31. Atstumų koregavimas vizualizuojant daugiamačius duomenis = Correction of distances in visualization of multidimensional data // Informacinės technologijos 2005 : konferencijos pranešimų medžiaga, [2005 m. sausio 26-27 d., Kaunas, Lietuva]. T. 1. Kaunas: Technologija, 2005.

Ekspertinė ir kita veikla

• Organizacijos IEEE Computer society sekcijos narė (nuo 2022 m.).
• Lietuvos kompiuterininkų sąjungos tarybos narė, Dirbtinio intelekto sekcijos narė
• Lietuvos operacijų tyrimų draugijos narė
• Mokslo, inovacijų ir technologijų agentūros (MITA) ekspertė (2020-2022).